南京明故宫在朱棣迁都北京之后，一直有人居住，只是日渐衰败，逐渐走向了消亡。到了清咸丰、同治年间，太平军占领了南京，明故宫才彻底变成了一片残垣断壁的废墟。明故宫始建于元至正二十六年。该年，朱元璋包围了张士诚驻扎的平江城，又将小明王乘坐的渡船凿漏，将小明王翰林儿沉入了江底溺亡。朱元璋控制了江南大局，便自称吴王，开始让刘伯温兴建吴王府。后来的明故宫，就是在吴王府的基础之上建成的。明故宫建造时，特意选择了风水吉地，依紫金山而建。但是，宫城北部内廷的部分位于原燕雀湖的湖面。朱元璋选择了填湖建造宫殿，虽然地基部分已经特意做了加强，但天长日久之后，地基还是产生了下沉，整个明故宫的地势成了南部高，北部低。这就造成人从正大门午门进入皇宫之后，只会越走越低，而且降雨后，还容易形成内涝。朱元璋觉得明故宫的这个形势，非常不吉，就想迁都西安，在西安重建皇宫。只是因为太子朱标早逝，朱元璋打消了这个念头。建文帝登基之后，朱棣发动了靖难之役。朱棣因为得位不正，加上明故宫地势不吉，所以，一登基，就开始在北京依照南京皇宫的形制，兴建北京皇宫。在北京故宫建好之前，朱棣仅仅对明故宫进行了必要修葺工程，直到永乐十八年迁都北京。此后，南京的宫殿就改为了行在（行宫），委派给了明朝皇族和内臣管理。负责看护皇城的这些人员，一部分就住在南京皇宫之内。朱棣去世后，明仁宗继位，曾试图迁都回南京，并令皇太子朱瞻基居守南京，住在南京皇宫内。同时，仁宗还下令修葺南京皇城。但是，仁宗数月而亡，宣宗朱瞻基继位后，继续了对明故宫部分宫殿的修葺，但并未迁都。之后，南京皇宫就再没有进行大规模的修葺，最多就是修修城门、城墙，还有看护皇宫的值班人员的板房、走廊等等。英宗正统年间，南京皇宫雷击失火，包括谨身殿、奉先殿、华盖殿、文渊阁在内的数座主要殿宇被焚毁，但英宗并未重建。宪宗成化年间，南京皇城因大风再次受损。宪宗直接下令“南京皇城内宫殿不许重修”，任其废弃。世宗嘉靖年间，因暴雨水淹，南京皇宫的宫门、城墙、殿宇多有倒塌。嘉靖想重修，但在大臣的反对下，又下旨：“乃已之命，以后勿得整修。”到了神宗万历年间，明故宫就只剩下供奉祖先的奉先殿、武英殿，及其配套的钱粮库房了。神宗本想大修，被劝止，仅重修了个别宫门，并重申了“凡南京皇城宫殿倾圯，累朝以来止行护守，不许修饬”。从神宗禁止重修南京明故宫的禁令中可以看出，明故宫一直是有人“护守”的，守护的部分人就住在宫内，并不奇怪。到了熹宗天启年间，不但不修葺南京皇宫，还因为缺钱，将南京皇宫中的大量铜器砸毁，一部分运到了北京，一部分用来铸钱。明末了，明朝皇帝也穷呀。思宗崇祯驾崩后，明朝灭亡。朱由检的弟弟朱由崧在南京皇宫武英殿继位，成为了南明的第一位皇帝，即弘光帝。弘光帝仅仅对南京皇宫做了部分修复工作，并将其母亲接入了西宫居住。清军灭南明之后，将南京改为了江宁，明故宫成了八旗驻防城，内设将军衙门和都统衙门。多为八旗人居住，因此又被称为江宁满城。此时的南京明故宫已经残破不堪了。康熙南巡时，都不免感叹，而且不肯住在明故宫，反而是住到了江宁织造署。当时还是《红楼梦》的作者曹雪芹的爷爷曹寅负责江宁织造。太平天国时期，洪秀全并没有将明故宫作为皇宫，而是另行选址建造。建造天王府的时候，从明故宫拆了很多石料、砖瓦等物，明故宫的宫殿、宫墙基本上被拆尽了。曾国荃攻陷南京城之后，烧杀抢掠，又进一步破坏了明故宫。明故宫从此彻底成了废墟，正式升级为了明故宫遗址，再也无人居住。

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