元至正十六年朱元璋率军渡江攻占了集庆路，改称应天府。年，老儒朱升向朱元璋提出“高筑墙、广积粮、缓称王”的九字方针，朱元璋深以为善，从此开始着手经营应天府，以为坚固的根据地。洪武元年，朱元璋称帝后，他又接受了谋士刘基等人的建议，将宫城定在钟山的南麓。从此，大规模的城墙建筑工程拉开了帷幕。

明代南京城开始兴建于元至正二十六年（年），直到洪武十九年（年）オ建成各主要城门，前后历时二十年，完工后的南京城分宫城、皇城、京城和外郭四层，皇城和京城全部都是用砖石筑成，全长33．公里，外郭城则以土全成，只在险隘处用砖砌部分城墙并开设城门，外郭全长约60公里。这种四城环套的形制和城内布局，在中国古代都城中是独树一帜的。

宫城，俗称紫禁城，位于南京东一隅，呈正方形。东、北以古青溪，西、南以新开御河（今明御河）为护城河。开有方位对称的六个城门：正南为午年门，是传达皇帝圣旨的地方，也是皇帝处分大臣的“廷校”之处；其左为左掖门，其右为右掖门东为东安门、西为西安门，北称北安门。宫城内的建筑分中、东、西三路和中路建有奉天、华、道身三殿，称为：“前朝”，其中以皇帝登基等大典的奉天殿最为宏崇，俗称“金銮殿”，其后为帝后办公与居住的乾清、坤宁二宫，称为“后廷”。东路建有文华殿、文楼、东六宫等殿宇；西路建有武英殿、武楼、西六宫、御花园等建筑。

皇城是在宫城之外所建的另一圈城，是宫城的扩建。此二城的建筑即为“皇宫”。皇城也开六门，各门之间也是对称、等距安排的，其形状为“凸”字形，与宫城一样坐北朝南。正南为洪武门（今光华门）、其两侧分设长安左门和长安右门，东为东华门，西曰西华门，其北则为玄武门。皇城的洪武门和宫城的午门建在同一条中轴线上，在洪武门至年门之间，还建有承天门和端门。皇城内的主要建筑是东面的“太庙”和西面的“社稷坛”，这是皇帝祭天、祀神、敬祖的地方，也是明朝中央各主要政府部门如“五院”、“六部”（刑部除外）办公的地方。

明朝的南京皇宫东西宽约2公里，南北长2．5公里，占建地面积5平方公里。其具体位置，大体在今中山门以西，逸仙桥以东，大光路以北，佛心桥以南大片地段内。当初刘基按道家理论为朱元璋选的这5平方公里的皇宫地基在兴建前却是茫茫一片湖水，但据说这里是“钟山龙蟠”的龙首所在，是南京城最理想的“帝王之宅”，对天授皇权的朱元璋极有帮助。

对于朱元璋来说，眼前的燕雀湖当然不算一回事。因此他不惜“移三山而填燕雀”。在填湖过程中还盛传朱元璋曾把一个名叫田德满的老人活生生投入湖中垫底，以求“填得满”的吉兆。为了避免宫城下陷，建筑者们在城墙底部有在城底部铺以巨石，在宫殿下面打下密集的木桩，并在官城下面砌了砖石下水道。这些补救措施并没有完全解决地基下陷的问题。朱元璋在世的时候就出现皇城南高北低的地势了。

明朝的南京皇宫建筑规模宏大，结构严谨，金碧辉煌，是十四世纪中期东方宫城建筑史上的杰作。在这里，朱元璋做了三十一年的皇帝。但兴废更替，昔日的“紫禁城”已毁于历代的战乱兵火。所幸者，明成祖朱棣迁都北京时从南京带走了5．8万能工巧匠，今日的北京故宫，还可使人领略到南京故宫的风华。因为北京“宫殿规制，无不与南京同，盖北京取式于此”。必须指出的是，这里说的“取式”仅指那些殿宇建筑，至于城门，虽数量、位置相同，门名却异。南京皇城门的名称即为北京宫城门的名称，北京皇城门的名称却为南京宫城门的名称。